Bovallius-ammattiopistossa jokaisen opiskelijan opinpolku on yksilöllinen. Opintojen suunnittelussa huomioidaan opiskelijan tavoitteet, vahvuudet ja tarvittava tuki. Opiskelu on käytännönläheistä, ja se tapahtuu pienissä ryhmissä. Jokaiselle opiskelijalle laaditaan henkilökohtainen opetuksen järjestämistä koskeva suunnitelma (HOJKS), jonka mukaan opinnot etenevät. Opettajien ja ohjaajien lisäksi opiskelijan tukena toimii opiskelijapalveluiden henkilöstö. Ohjausta ja tukea tarjotaan koulutukseen hakeutumisesta aina työelämään siirtymiseen asti.